Oddělení klinické farmacie zahájilo svoji činnost jako samostatné pracoviště Nemocnice Na Bulovce od 1.1.2010. Sídlí v budově č. 16, společně s Ústavem radiační onkologie.

Oddělení se zabývá komplexním hodnocením lékové anamnézy pacienta po příjmu do nemocnice, racionalizuje a individualizuje jeho farmakoterapii, vyhledává a podílí se na eliminaci závažných lékových interakcí a nežádoucích účinků. Dále zajišťuje správné a bezpečné zacházení s léky na ostatních klinikách a odděleních Nemocnice Na Bulovce. Tyto činnosti kromě zjevného přínosu pro pacienta vedou ve výsledku i ke snižování nákladů spojených s léčbou. Oddělení klinické farmacie v Nemocnici Na Bulovce se navíc stalo hlavním školícím centrem klinické farmacie pro Českou republiku. V neposlední řadě se toto pracoviště zabývá výzkumnou a publikační činností. V rámci těchto aktivit spolupracuje s předními českými i zahraničními institucemi v oblasti medicíny a farmacie.